疾病大体分为：眼及皮肤病、肢蹄病、乳房疾病、传染病、寄生虫病、消化系统疾病、呼吸及循环系统疾病、繁殖系统疾病、营养代谢疾病九类。
常见的眼及皮肤的疾病有：结膜炎、牛眼虫病、红眼病、牛体表出血、泰勒虫病和脐带炎。
常见的肢蹄病有：蹄底挫伤、蹄底溃疡（局限性蹄皮尖）、指（趾）间皮肤增殖、蹄叶炎和腐蹄病。
常见的乳房疾病有：乳房炎、血乳、乳头末端损伤和漏奶
常见的传染病有：口蹄疫、布病、结核病、巴氏杆菌、副结核、牛病毒性腹泻、牛传染性鼻气管炎、炭疽和牛流行热。
常见的寄生虫病有：牛球虫病、脑多头蚴病、牛网尾线虫病、牛双腔吸虫病、前后盘吸虫病、片形吸虫病、血吸虫病。
但目前奶牛以规模化养殖方式为主，寄生虫病相对发病率较低。
常见的消化系统疾病有：食道阻塞、前胃弛缓、瘤胃角化不全症、
瘤胃鼓气、瘤胃积食、创伤性网胃-腹膜炎、瓣胃阻塞、真胃移位、真胃扩张和扭转、真胃溃疡、真胃阻塞、盲肠扩张和扭转、迷走神经性消化不良和腹膜炎等。
常见的呼吸及循环系统疾病有：肺炎、气管及支气管炎、创伤性心包炎、心肌炎、心内膜炎、静脉炎
常见的繁殖系统疾病有：孕牛截瘫、阴道脱出、子宫内膜炎、卵巢囊肿、持久黄体、胎衣不下、流产、子宫脱出
常见的营养代谢疾病有：奶牛酮病、奶牛妊娠毒血症、瘤胃酸中毒、产后瘫痪、钙磷代谢障碍、各种维生素缺乏症、各种微量元素缺乏症
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