肺活检是诊断闭塞性细支气管炎（BO）的金标准。由于病理学检查的局限性，BO的诊断主要为临床诊断，主要依靠临床表现、影像学变化、异常的肺功能，并排除其他阻塞性肺疾病可能，可通过纤维支气管镜协助诊断。
现如今认为在一些诱因如吸入损伤、药物、病毒、肺炎支原体、一些细菌感染后，出现持续咳嗽和喘息或呼吸困难，胸部HRCT检查有典型表现如马赛克征、气体闭陷征、外周支气管管壁增厚和扩张等，即可临床诊断，但还需鉴别诊断。
一是需和哮喘鉴别。BO和哮喘均可发生于呼吸道合胞病毒感染或重症肺炎之后，均有喘息表现，并且BO胸片多无明显异常，或仅表现为过度通气，易误诊为哮喘。另有文献报道，临床上也发现哮喘患儿胸部HRCT检查时，可以出现轻微的磨玻璃样影或马赛克征，易误诊为BO。可根据喘息对支气管扩张剂和激素的治疗反应、过敏性疾病史或家族史、HRCT的表现等对这两种疾病进行鉴别。
二是需和闭塞性细支气管炎伴机化性肺炎（BOOP）鉴别。BOOP发病诱因和临床表现与BO相似，但影像学表现不同，BOOP主要表现为双肺有斑片影。BOOP的肺功能多为限制性障碍。最可靠的鉴别依据是病理检查，BO为管外瘢痕引起缩窄，而BOOP为管腔内肉芽组织阻塞。
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