在抗洪抢险的同时，也要准备好退水后的各种防疫工作。人类瘟疫还好控制，家禽家畜瘟疫就难了，那么暴雨及洪水过后到底该怎么防瘟疫呢？
对羊舍和环境消毒
首先要进行彻底的清扫和清洗。对洪水淹过的羊场、羊舍要清除淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。按照由远及近、从上至下、由里到外的顺序逐一清扫和清洗，全方位不留死角。经过认真彻底清扫和清洗，不但可以清除大部分病原体，还可以大大减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用。彻底清扫清洗后即可进行化学消毒。一般要求使用2～3种不同作用类型的消毒药，进行2～3次消毒。1、第一次消毒可用碱性消毒药，如2%～3%的火碱或10%～20%的石灰乳，用来粉刷地面、天棚、墙壁等，用2%火碱水溶液还可用于喷洒消毒。2、第二次消毒可用酚类（菌毒敌）或氧化剂（过氧乙酸）进行喷雾消毒。3、第三次用甲醛熏蒸消毒。事先计算好消毒舍的容积，每立方米用甲醛42毫升、高锰酸钾21克，关闭牛舍门窗及通气孔，舍内的温度应在20℃左右，相对湿度70%以上，一般消毒24小时，而后打开门窗通风即可。4、道路及运动场可用10%～20%漂白粉混悬液或干粉撒布；也可用1：倍的复合酚喷洒；潮湿地面、粪池、粪堆及污水沟可撒布生石灰，干处撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氢氧化钙，即熟石灰，解离出氢氧离子产生消毒作用。石灰乳应现用现配，配好后宜当天用完。对水源和饮水消毒
几乎所有羊场都是用水井里的水，水井被洪水淹没后，要先把井水淘净，清除淤泥，待按体积每立方米水加入漂白粉6～10克，将井封闭6小时后再用；饮水消毒方法简单，事先在另外的容器内调成稀释液，欢迎
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